С сентября 2005 года негосударственные пенсионные фонды имеют право выступать трансферагентами Пенсионного фонда России по приему заявлений от застрахованных лиц на перевод пенсионных накоплений. При этом учет их пенсионных накоплений ведется не только на пенсионных счетах в негосударственном пенсионном фонде, куда переведены деньги, но и в специальной части лицевых счетов застрахованных лиц в Пенсионном фонде России. Одновременно Пенсионный фонд РФ ведет реестр индивидуальных лицевых счетов застрахованных лиц, где фиксируются сведения о том, какой негосударственный фонд они выбрали. Эти меры двойного контроля исключают возможность утраты сведений об их пенсионных накоплениях.
Кроме того, специалисты омского отделения Пенсионного фонда РФ напоминают, что при ликвидации негосударственного пенсионного фонда пенсионные накопления застрахованных лиц передаются в Пенсионный фонд РФ. При этом на эти средства не могут быть обращены требования кредиторов негосударственного фонда. В случае аннулирования у НПФ лицензии, пенсионные накопления передаются в Пенсионный фонд РФ принудительно. Таким образом, обеспечивается сохранность пенсионных средств.